正常な人體の各部位には微生物(皮膚、口、咽喉、膣、結腸など)がたくさんいます。これらの微生物が宿主の細胞の上に定著し、増殖することを「定植」といいます。定植した細菌を「常在菌種」といいます。宿主の病気、醫療処置の影響、外來菌による侵襲、抗菌薬の使用など、様々な要因が起こります。

　(1)細菌群の失調、患者はよく下痢、結腸炎、重癥の場合は二重感染癥を示します;

　(2)位置が転移して、常在菌グループが元の部位から他の部位に転移して感染を引き起こします。

　(3)內因性感染は、「自己感染」や「機會感染」とも呼ばれます。

　上記の問題は宿主免疫不全の場合によく見られます。微生物の病原性は相対的で、一種類の病原性病菌は數が少なければ病気になりません;非病原性の菌が多いと病気になります。病原微生物による感染では、病原體を消滅させれば完治が可能です。一方、常在菌による內因性感染の場合は、菌群を消滅させることはできないので、菌群の調整を行う必要があります。
　人體の常在菌の部位が違います。
皮膚：ブドウ球菌、ヤタ球菌、ジフテリア菌、緑膿菌、プロパン菌、嫌気性G+球菌、アオカビなどです。
腸(空腸、回腸、結腸)：大腸菌、ガステリア、トランスフォビア屬、緑膿菌、ブドウ球菌屬、オクタ球菌、腸球菌、ウェルシュ菌、コカス菌屬、ビフィズス菌、アヤ菌屬、消化球菌、消化連鎖球菌、カンジダ菌、エコウイルス、アデノウイルスなどです。
前尿道：表面ブドウ球菌、抗酸菌、腸球菌などがあります。
膣：ラクトバクター、ジフテリア菌、大腸菌、レフトバクター屬、エンテロコッカス屬、ネッセコッカス屬、嫌気性球菌屬などです。
　それぞれの感染には病原菌と呼ばれる特異な病原微生物がいます臨床的によくある泌尿器感染癥の原因菌には、黃色ブドウ球菌、溶血性レンサ球菌、淋球菌、偽桿菌屬(緑膿菌など)、ジフテリア菌、大腸菌、結核菌、マイコプラズマ屬、クラミジア屬、各種ウイルス、各種菌類、トリコモナスなどがあります。